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根据《国务院批转国家药品监督管理局药品监督管理体制改革方案的通知》（国发[2001]10号）、《财政部关于做好药品监督管理体制改革有关财务管理和经费保障工作的意见》（财社[2001]6号）和国家有关财经法规，为加强中央补助地方药品监督机构建设专项经费的监督管理，提高专项经费的使用效益，制定本办法。
第一条 中央补助地方药品监督机构建设专项经费（以下简称中央专款），是为加强西部及中部困难地区药品监督机构监督执法能力建设而设立的专项补助经费。
第二条 中央专款由财政部、国家药品监督管理局根据被补助地方财政困难程度和药品监督管理的业务工作需求、机构组建进度、财政支出规模等，按照因素法共同分配，由有关省、自治区、直辖市财政厅（局）和药品监督管理局使用管理。
第三条 中央专款用于购置地市级和县级药品监督管理机构行政执法装备、重点地市级及省级药品检验机构药品检验仪器、设备，2001年中央专款适当安排省级以下药品监督管理机构开办费补助。
第四条 药品监督管理机构行政执法装备参考《全国药品监督管理机构执法基本装备标准》（试行）并根据财力可能逐步配备。其中执法专用车应根据执法工作需要选择适用车型，不得以配备执法专用车名义购置领导专用车等其他用途的车辆，一经发现，严肃处理。
第五条 重点地市级药品检验机构和省级药品检验机构技术装备参考《全国药品检验机构基本仪器配置标准》（试行）并根据本地实际情况以及财力可能逐步配置，要根据实际工作需要优先购置急需的设备。
第六条 药品监督管理机构执法装备费、药品检验机构技术装备费由省级财政厅（局）、药品监督管理局组织集中政府采购设备，不得逐级下拨。药品监督管理机构开办费可由省级药品监督管理局拨付地市级、县级药品监督管理机构使用，也可以实行集中采购。
第七条 省级财政厅（局）、药品监督管理局应成立设备采购领导小组，加强设备采购工作的领导和采购过程的监督，确保采购设备的质量，节约资金。可根据需要成立由设备专家、药品检验专家、经济学专家、商务专家等组成的专家小组，协助领导小组调查、论证、确定设备采购目录及设备技术性能指标，参与采购管理工作。
第八条 省级药品监督管理局对政府采购的设备要加强管理，规范调拨程序，防止国有资产流失。
第九条 各省、自治区、直辖市财政厅（局）、药品监督局应严格遵守国家有关法律、法规和财务制度，保证专项经费专款专用，充分发挥其使用效益，不得弄虚作假、挤占、截留、挪用专项经费。财政部、国家药品监督管理局将以适当方式对中央专款使用情况进行检查，发现问题，将根据情况采取通报批评、扣减或停止拨款等措施予以处罚，并追究有关领导的行政责任，触犯刑律的，由司法机关依法追究刑事责任。
第十条 省级财政厅（局）和药品监督管理局可结合本省（市、区）的实际情况，制定专项经费的具体管理办法，并将专项经费使用情况及时上报国家药品监督管理局和财政部。